现在普遍的治疗建议是每次喂奶前（至少15分钟）给乳糖不耐受的宝宝服用乳糖酶，待宝宝腹泻逐渐好转时，乳糖酶可以逐渐减量，直至停用。
但是很多宝宝服用乳糖酶之后，乳糖不耐受症状并无明显缓解。所以，有研究建议，如果真的要用乳糖酶，应该提前把乳糖酶滴入挤出来的母乳中，等待一晚或一天，等乳糖酶把母乳中的乳糖分解了，再喂给宝宝喝。
2.奶粉宝宝
除了同样被建议添加乳糖酶之外，乳糖不耐受的奶粉宝宝还可能被建议换成无乳糖配方奶粉。但事实是，在临床治疗中，只有纯配方奶粉喂养的宝宝，而且出现营养不良或体重降低的时候才考虑换不含乳糖的特殊配方奶。因为无乳糖配方奶粉中不含乳糖，所以不能保证半乳糖的摄入，而半乳糖对宝宝身体尤其大脑发育非常重要。所以不要随便给孩子换奶粉，换之前最好咨询医生，并在医生的指导下考虑食用时间。
3.添加辅食的宝宝
乳糖不耐受期间，辅食添加要注意回避含有乳糖的食物。牛奶可以换成酸奶或者奶酪，也可以通过其他食物获取钙。比如，一些低草酸的绿色蔬菜，如西蓝花、大白菜叶、卷心菜、羽衣甘蓝等都是很易吸收的钙来源；豆腐也能提供较高的钙，而且较容易被人体吸收利用。
其实，只要孩子的乳糖不耐受不是原发性的，那么只要解决感染和引起肠道受损的疾病，等待肠道完全恢复健康，乳糖不耐受自然会解决，所有乳糖不耐受的处理方式都只是时间问题，唯一比较麻烦的只是小屁屁的清洁和护理工作。