1928年起，李四光出任中国地质的另一个分支。中央研究院地质研究所所长。章、丁、翁继续将精力放在发展和壮大中央地质调査所及各地的地质找矿工作上。李四光的研究所缺人才，丁文江讲义讲情，送去了好几位骨干。1934年夏，丁文江出任中央研究院总干事，又对李四光的研究所给予不少关心帮助。那时他俩之间的交情一直不错。1935年12月，丁文江因听说蒋介石准备让他当交通部按，为了躲过此任命，他只身到湘潭谭家山煤矿考察，结果从矿洞里上来得了感冒，回到宾馆后煤气中毒，于1936年1月5口不幸去世。此时李四光正在英国，得知噩耗时，他正在一所大学讲授他的那部名著中国地质学李四光站在讲台上这样声泪俱下地说：当完成这部学术论文时，我的祖国那边传来了我的好友和先生丁在君博士去讲的不幸消息。我悲痛不已。在此，我谨以此文向他表示最诚挚的哀悼……在君是丁文江的子号——笔者注——在我所看到和了解到的所有书籍与各种传闻中，还没有发现过李四光和丁文扛二人之间的任何不和与矛盾之处，相反在他们二人交往的16间，有的是较深的情和义。