歌德根本上是个伟大的自然朴素的诗人，而非滥情的诗人。当他从一个朴素而情感自然流露的诗人，变成思索的诗人时，他天才的星光不免要晦暗了许多，这是脱离了本质的缘故。
虽然有施泰因夫人的开导，歌德自己也努力保持清静平和的心态，但他还是遭遇了痛苦的精神危机。1779年秋天，歌德陪奥古斯都公爵到瑞士旅行，回来之后，他察觉到了自己精神上的矛盾。他觉得自己“日常生活的练达及洞察力日渐增长”，但同时也感觉自己像“被缚住双翼的鹏鸟，无法振翅高飞”。从前，他极欲参与的政事，如今却觉得厌烦，当时他写信向施泰因夫人倾诉：
如果能够脱离政治的倾轧，将全副精神投注到艺术、科学上，也许心情会更加舒畅。
当然，政治的倾轧并没有让歌德放弃文学创作，他在这期间对人性的体验，为数部重要的文学作品奠定了基础。很多作品的构想都在此时形成，如果以酝酿出多少作品而言，这的确是个丰收期。
在歌德此时生活中占有重要分量的，还有一件事，那就是自然科学的研究。歌德在监督魏玛矿山开发时，对地质学产生了浓厚的兴趣。他也曾学习化学和天文学。成就较大的是他对解剖学的研究，他得到一位大学解剖学者的教导，懂得了人体构造，之后从比较解剖学的观念和有机界连续发展的理论方面着眼，研究自然和人类的发展进化。他在第一篇比较解剖学论文《论人类与动物的颌间骨》中阐述了人类原始颌间骨的价值，并指出生物的进化观念。这奠定了这种新兴科学的根基。