除此之外，蒙牛还成立了质量控制中心，对产品质量进行全方位、全过程控制。在原料控制中，凡检验不合格的原辅料全被拒于车间之外；在生产过程中，蒙牛制定了高于国家标准的企业标准，将严格的过程质量管理和过程质量控制细化到每个人、每台机器、每个操作规程；在终端控制中实行自检、专检、互检的“三检制”原则，并形成一个层层检验、环环把关的控制网络，确保产品出厂合格率100%。
蒙牛液体奶事业部的王丹讲述了她最初的质量管理体验。王丹进入蒙牛一段时间后，一天班长让她去帮忙“摔包”。看到一箱又一箱牛奶就那样被倒掉了，王丹觉得可惜，就问“摔包”的原因，一位负责质检的人员告诉她这批鲜奶有问题。她喝了一口没感觉出来，质检员说：“你不是专业人士，当然尝不出来。”她说：“消费者大多不是专业人士，再说了，又不是牛奶坏了，摔包多浪费！”“可我们要对消费者负责。”另一位参与摔包的员工说。
还有一次，蒙牛冰品尝试延长产品线，委托某厂生产速冻水饺。第一批几百箱水饺试生产出来后，于春节前投放市场。但是，牛根生在看市场时买回3种水饺，结果发现，蒙牛的水饺皮厚馅少，味道也不地道。为了确定自己的个人感觉，牛根生搞了一次盲测，将3种水饺标上号码，也不告诉参与测评人员分别是哪家的水饺，尝过后让大家投票。结果蒙牛出售的水饺得票率最低。牛根生当即下了三道命令：