在中纪委第一次全会上，陈云又说：中纪委的基本任务就是维护党规党法，整顿党风，也就是要实现生动活泼的政治局面。为了从制度上保证这种局面得以巩固，陈云还指导草拟了《关于党内政治生活的若干准则》。
要使党内生活正常化，不仅要为过去的冤假错案平反，而且要妥善处理犯错误同志和制造过冤假错案的人的问题。在这方面，陈云的所作所为，也为后人树立了榜样。例如，中央为了处理林彪、江青两个反革命集团的案件，成立了有中纪委、中组部、高检院、高法院等部门人员组成的两案审理领导小组，他们在工作中碰到对一些跟着林彪、“四人帮”的人如何处理的问题。
对此，陈云指出：“文化大革命”是在特定历史条件下发生的政治斗争，因此，除了对若干阴谋野心家必须另行处理外，对其他有牵连的人，必须以政治斗争的办法来处理。这种处理办法应该是使今后若干代的共产党人从中取得教训，从而对党内斗争采取正确的办法。
由于他的这个意见，解脱了一大批人。即使对这两个集团里的人，他也提出林彪集团中的人过去有战功，在处理上要同江青集团有所区别，对年老有病的要保外就医；对江青集团的主犯，他同意判重刑，但反对用极刑，说如果开了杀戒，对后代不好交待。陈云的这些意见，对恢复和发扬党的优良传统，产生了深远影响。